抗体测序（Antibody Sequencing）作为抗体药研发和抗体表征的重要工具，近年来受到广泛关注。尤其在CDMO委托生产、抗体人源化、专利布局与一致性分析等场景中，对抗体序列的准确率、完整性和功能位点识别能力提出了更高要求。那么，如何实现高精度的抗体测序？测序中需要注意哪些关键步骤和技术细节？本文将全面解析抗体测序的基本原理、主流策略、技术难点与解决方案，助您掌握高质量抗体测序的核心要点。

一、什么是抗体测序？为什么这么重要？

抗体测序，指的是通过实验手段解析抗体分子的氨基酸序列信息，尤其是其可变区（Variable region）中的CDR（互补决定区）序列。测序对象可以是纯化抗体、杂交瘤表达产物、重组表达体系中的抗体，或者B细胞水平的天然抗体。

高精度抗体测序对于以下任务至关重要：

• 抗体药物开发：构建表达系统、优化亲和力或稳定性
• 抗体人源化：保留CDR，替换framework区域
• 抗体知识产权申请：确证序列唯一性
• 批次一致性分析：用于生物等效性验证
• 单抗筛选与文献再开发：复制已发表抗体或抗原验证工具

二、抗体测序的主流技术路线

抗体测序技术主要分为两大类：

1、基因测序法（Antibody Gene Sequencing）

通过RNA提取 → 反转录 → PCR扩增 → NGS测序 → 翻译为氨基酸序列

（1）优势：

灵敏度高，可追溯至单个B细胞克隆

适用于B细胞文库、高通量筛选等场景

（2）局限：

仅能预测理论序列，无法识别翻译后修饰或突变

对于无法获取细胞来源的抗体（如纯化产品）不适用

2、蛋白质质谱测序（Mass Spectrometry-Based De Novo Sequencing）

通过抗体酶解 → 质谱分析 → 肽段识别 → de novo重建蛋白全长序列

（1）优势：

直接基于蛋白本体，不依赖细胞/核酸信息

可识别实际表达产物，包括修饰、突变、异构体

适用于商业抗体、文献抗体、原液抗体等多种样本

（2）局限：

对实验平台和算法要求高，部分结构（如N端阻断）难以解析

在应用场景广泛、高度依赖序列准确性的背景下，高精度蛋白质质谱测序法已成为行业首选。

三、高精度抗体测序的关键技术要点

要实现>98%的准确率与>95%的序列覆盖度，需在以下几个技术环节做到极致：

1、多酶酶解策略

（1）使用多种特异性酶（如 Trypsin、Glu-C、Chymotrypsin、Asp-N）进行组合酶解

（2）产生多样化的重叠肽段，避免肽段盲区

（3）有助于跨越结构域边界，重建长序列片段

2、高分辨率串联质谱分析

（1）采用高精度仪器（如 Orbitrap Eclipse、timsTOF Pro 2）实现>120,000分辨率

（2）二级碎裂技术（HCD/ETD）用于精细获取肽段碎片谱图

（3）支持多电荷状态与低丰度肽段检测

3、AI辅助的de novo序列重建算法

（1）基于深度学习模型（如 DeepNovo、Novor、pNovo+）预测氨基酸顺序

（2）与数据库搜索结果融合，优化匹配精度

（3）可有效识别非典型片段、修饰或突变位点

4、抗体框架与CDR区域智能识别

（1）利用IMGT、Abysis、IgBlast 等数据库比对框架区，精准定位CDR1、CDR2、CDR3

（2）区分轻链/重链并确认可变区完整性

（3）支持多抗样本中的混合序列解析

四、抗体测序常见难点与解决方案

五、百泰派克生物科技的抗体测序平台优势

作为专业的蛋白质组学与抗体测序服务提供商，百泰派克生物科技构建了一套针对抗体样本优化的高精度测序平台，支持从原液、杂交瘤、表达产物等多种来源的一站式服务：

* 多酶测序标准流程：Trypsin + Glu-C + Asp-N 三重酶解方案

• AI算法辅助拼接：集成 DeepNovo 和数据库比对双引擎
• CDR识别与框架注释：基于 IMGT 标准，自动标记抗原结合区
• 全套报告输出：提供氨基酸序列图谱、覆盖率热图、CDR区域标注、置信度评分等

测序准确率 >98%，序列完整性 >95%，已支持上百家药企、CRO和科研单位完成抗体分析、备案申报等多种项目。

随着抗体药物市场的持续扩张，抗体测序不再是“可选项”，而是实现分子溯源、优化设计、确保质量的基础操作。高精度抗体测序不仅需要先进的质谱平台，更依赖于深度算法融合 + 蛋白注释能力 + 实验标准化流程的协同优化。在百泰派克生物科技，我们不仅关注“测出”，更关注“测准”“测懂”“测得快”。如果您有抗体序列解析、研发转化、专利验证等方面需求，欢迎联系我们获取专业建议和定制方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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