引言：SWATH-MS的强大，离不开正确的数据分析

SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Spectra）作为数据独立采集（DIA）技术的代表，为大规模、高一致性、无标记定量蛋白组研究打开了新局面。然而，数据的复杂性也带来了分析流程繁琐、参数依赖性高、结果波动性大等挑战。

本篇文章将系统梳理 SWATH-MS 数据分析的标准流程，聚焦每一步的关键要点，并总结常见错误及其解决方案，帮助科研人员避免“数据分析黑洞”。

一、SWATH-MS 数据分析的标准流程概览

SWATH-MS 数据分析通常包括以下五个核心步骤：

1、原始数据转换（Raw to mzML）

SWATH 数据通常由 SCIEX（.wiff）、Thermo（.raw）等平台生成。第一步是使用ProteoWizard（如msConvert） 将其转换为标准化格式，以便后续软件读取。

（1）注意事项：保持 centroid 模式，避免错误地 profile 转换

（2）常见错误：未勾选合适的转换参数，导致数据冗余或信息丢失

2、谱图库匹配（Spectral Library Search）

SWATH-MS 的定量依赖高质量谱图库。常用工具包括：

（1）OpenSWATH + PyProphet（开源）

（2）DIA-NN（速度快、兼容FASTA预测库）

（3）Spectronaut（商用软件，UI友好）

通过对 SWATH 碎片信号与谱库中碎片离子的匹配，进行肽段识别和定量。百泰派克生物科技 提供多物种高质量谱图库及自建 DDA 库服务，支持客户自有数据库上传。

3、FDR控制与打分模型（Statistical Scoring）

SWATH 数据涉及数十万个碎片峰，易混杂背景噪声。常用的打分算法（如 PyProphet）会为每个肽段生成多个打分维度（如 XCorr、RT差、峰形等），再通过机器学习模型（通常是 semi-supervised LDA）进行分类，并进行1% FDR过滤。

（1）建议使用全局FDR（global context）以获得更稳健的鉴定结果

（2）常见错误：忽视打分模型的训练质量，FDR控制不严，出现假阳性

4、保留时间对齐（RT Alignment）

不同样本之间肽段的保留时间可能发生漂移，需要通过对齐算法（如TRIC、Spectronaut内置）将同一肽段的检测时间标准化，提升跨样本比较的精度。

（1）建议引入内标（如 iRT）提高对齐准确性

（2）错误：未对齐或对齐失败将导致定量缺失和数据跳点

5、数据标准化与差异分析（Quantification & Stats）

获得定量矩阵后，需进行以下处理：

• 总强度或中位数标准化（MSstats, Perseus）
• 缺失值填补（如 knn、MLE）
• 差异蛋白筛选（如 Limma，t-test）
• 功能注释与富集分析（如 GO, KEGG）

（1）百泰派克生物科技 提供差异蛋白分析+可视化+通路注释一体化服务

（2）错误：不同批次数据合并前未批次校正，导致“伪差异”结果

二、SWATH-MS 数据分析中的常见错误盘点与建议

百泰派克生物科技SWATH-MS服务优势

为了降低用户在 SWATH 数据分析中的技术门槛，我们提供：

（1）标准化SWATH数据处理流程（OpenSWATH / DIA-NN / Spectronaut）

（2）谱库构建、预测谱图与多物种匹配优化

（3）定量矩阵标准化、缺失值处理与差异蛋白筛选

（4）自动化注释通路富集与可视化出图

我们通过平台级优化和生信专家团队支持，助力客户专注科研本身，数据处理放心交给我们。SWATH-MS 的力量不仅来自其无偏倚的采集方式，更取决于后续严谨且专业的数据分析流程。每一步看似“技术细节”，实则关乎蛋白识别的深度与定量的可信度。只有充分理解并规避常见错误，才能真正释放 SWATH 技术的科研价值。欢迎联系百泰派克生物科技，获取您的SWATH-MS项目免费评估与数据分析支持服务，我们将以专业助力每一次蛋白组探索。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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